Le département Projets est rattaché à la société TPF INFRA. Il collabore étroitement avec les départements Gestion des installations (GI) et Travaux. La collaboration avec le département GI se déroule généralement de la manière suivante : le département Projets est mandaté par le département GI pour étudier et exécuter le renouvellement ou le développement des installations ferroviaires.
Les phases d'études et de réalisation s'appuient sur les normes en vigueur dans le milieu de la construction : étude préliminaire, avant-projet, procédure d'approbation des plans (PAP), projet d'exécution, exécution, réception, mise en service et clôture. Dès les premières phases, le Chef de projet intègre un Conducteur de Travaux, rattaché au département Travaux, pour l'organisation de la sécurité, la préparation de l'exécution et la gestion de la zone de chantier. Le département Projets se coordonne également avec le Centre d'exploitation (CE) et le département GI pour tout ce qui touche aux interruptions de trafic ferroviaire nécessaires à la bonne réalisation des travaux. Au quotidien, il s'encadre notamment de mandataires spécialisés et travaille très régulièrement avec des bureaux d'ingénieurs. Le département Projets entretient en outre une étroite collaboration avec l'Office fédéral des transports (OFT) pour tout ce qui est des processus d'approbation des plans jusqu'à la réception de la décision d'approbation des plans (DAP), correspondant au permis de construire.